Il 3 dicembre 2004 viene inaugurata dalla Regione Valle d'Aosta una grande mostra retrospettiva al Museo Archeologico di Aosta, in cui sono esposte 140 delle sue opere più significative, riscuotendo grande successo fra un vasto pubblico; contemporaneamente si tiene una mostra personale presso l'Espace Vallée d'Aoste di Parigi come rappresentante della pittura valdostana. Pochi mesi dopo inizia a lavorare alle opere «Cose Mie», ispirate dall'intento di riproporre particolari di alcuni dipinti su differenti supporti.

Il 7 settembre 2007 è nominato «Chevalier de l'Autonomie» della Regione Valle d'Aosta in Piazza Chanoux

Il 3 dicembre 2010 viene inaugurata la mostra «La cultura dell'ospitalità» dove sono esposte opere collezionate dagli albergatori valdostani. In questa mostra sono esposte 5 sue opere.

Nel Febbraio 2011 viene inaugurata la mostra «Regioni e Testimonianze d'Italia 1861-2011. L'Unità dell'arte Italiana nella diversità delle Regioni» nel Complesso del Vittoriano a Roma. In questa mostra è esposta un'opera di Francesco Nex di proprietà dalla Regione Valle d'Aosta.

Il giorno 5 luglio 2011 è inaugurata la mostra «Nuove forme nello spazio e nella tradizione» (a cura di Vittorio Sgarbi), promossa dal Padiglione Italia alla 54. Esposizione Internazionale d'Arte della Biennale di Venezia. Durante la mostra sono state esposte nelle Sale dell'Hotel Cavour et des Officiers del Forte di Bard 15 opere di artisti valdostani fra cui un'opera di Francesco Nex. Durante l'inaugurazione, alla presenza del Presidente della Giunta Regionale Augusto Rollandin e di Vittorio Sgarbi, è stato consegnato a Francesco Nex un riconoscimento alla carriera artistica.

Il 1 ottobre dello stesso anno viene presentato, nell'auditorium del palazzo Regionale, il cortometraggio «Aquiloni controvento» di Alessandro Stevanon dedicato ai suoi 90 anni. La proiezione del filmato viene replicata il giorno 5 ottobre 2011 nello spazio Regionale del palinsesto televisivo di RAI3. Un ringraziamento particolare da parte dell'artista e della sua famiglia va al Presidente del Consiglio Regionale Alberto Cerise e al regista Alberto Stevanon, per la professionalità e l'affetto dimostrato.

Dopo breve malattia il 25/12/2013 muore in Aosta dove è sepolto nella tomba di famiglia.